En Huánuco funcionan regularmente las ligas de fútbol (en 9 distritos), básquetbol (Huánuco y Amarilis), vóleibol (Pillco Marca), balonmano, atletismo. Hay actividades de ciclismo, karate, taekwondo, boxeo, futsal, entre otros que funcionan más como academias que como clubes deportivos, pero no tienen una liga que ordene y organice eventos de estas disciplinas.
La mayoría de estas ligas y academias, con pocas excepciones, funcionan de manera precaria, porque no están registradas en la Sunarp, no están inscritos en el Registro Nacional del Deporte (Renade) y si participan tanto dentro como fuera de la ciudad lo hacen en eventos extraoficiales u organizados por promotoras particulares.
En el caso del fútbol, la única liga reconocida es la de Huánuco, las otras no tienen Renade. En el caso del básquetbol, la liga de Huánuco es reconocida por la FPB, en Amarilis hay una liga reconocida por otra asociación nacional, pero ninguna tiene reconocimiento del IPD porque la FPB tampoco está reconocida.
La única liga de vóleibol que estaba reconocida ha perdido su vigencia de poder porque no realizó elecciones al haber cumplido 4 años en el cargo.
Las disciplinas de artes marciales trabajan directamente con sus federaciones nacionales.
